Fråga:
Alternativa genetiska koder i nyligen sekvenserade organismer
Daniel Standage
2011-12-22 11:35:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Variationer av standardgenetisk kod är ganska sällsynta, men eftersom kostnaden för sekvensering med hög genomströmning fortsätter att sjunka finns det en större möjlighet att upptäcka ytterligare undantag. Med detta sagt finns det en tydlig tonvikt i genomprojekt på nukleotidsekvensering (genom och transkriptom), med mycket mindre (om någon) ansträngning för proteomikarbete (korrigera mig om jag har fel där).

Låt oss anta att vi sekvenserar genomet till en ny organism och vi fokuserar helt på genom- och transkriptomsekvensering - ingen proteomik. Låt oss också anta att denna organism har små variationer i standardgenetisk kod. Skulle det vara möjligt att kommentera detta genom (för proteinkodande gener) helt felaktigt eftersom mjukvaran för genförutsägelse inte tar hänsyn till dessa variationer, eller skulle det vara ganska uppenbart? Vad skulle du förvänta dig att se i det här fallet?

Din fråga är väldigt vag. Kan du vara mer specifik och / eller mer konkret? Det finns ett dussin sekvenseringstekniker och ännu fler variationer i den genetiska koden.
Kanske är vagheten från det faktum att jag inte vet vad jag kan förvänta mig om jag försöker kommentera genomet hos en organism som använder en alternativ genetisk kod. Min grundläggande fråga är: skulle jag ens kunna berätta? Är det inte klart från den ursprungliga frågan?
Jag tycker det är en klar fråga.
Tre svar:
#1
+6
chkuo
2012-01-06 00:34:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Om organismen använder en alternativ kod skulle de förutsagda proteinsekvenserna alltid innehålla samma typ av aminosyrasubstitutionsfel. Detta mönster bör bli tydligt när man jämför proteinerna med andra organismer. I verkligheten använder den vanligaste alternativkoden UGA för tryptofan istället för det vanliga stoppet. Om du gör misstaget att använda standardkoden för dessa genom skulle de förutsagda generna bli mycket fragmenterade så det är nästan omöjligt att inte märka det.

#2
+3
KAM
2011-12-22 19:45:44 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Det är korrekt att du är lite orolig, särskilt med mitokondriella genom (där icke-standardiserade genetiska koder är vanligare). Förutom användningen av icke-standardkoder bör du också överväga RNA-redigering (ändrade kodoner eller raderade / infogade nukleotider för att skifta läsramar) och speciella aminosyror (t.ex. selenocystein). Sammantaget är betoningen på DNA-sekvens för att sluta proteinstrukturen säker i de flesta fall, men bli inte förvånad över skillnader (för vissa gener eller för hela organismer).

#3
+2
Thomas Ingalls
2011-12-22 13:09:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Det korta svaret är ja, du kan få många fel. Se här för mer information:

NCBI: "The Genetic Codes"



Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 3.0-licensen som det distribueras under.
Loading...