Fråga:
Hur kan jag normalisera mRNA-prover för sekvensering?
719016
2012-04-30 15:47:22 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Finns det ett enkelt, billigt och inte alltför arbetskrävande sätt att normalisera mRNA-prover så att trots att man tappar information om genuttrycksnivåer, är vart och ett av transkripterna i transkriptomen lika representerade i provet för sekvensering? Det vill säga att man har en enhetlig fördelning av transkriptioner, så att de lågt uttryckta transkriptionerna fortfarande har goda chanser att sekvenseras.

Jag har sett några papper som nämner protokoll för mRNA-normalisering, men jag kan inte säga om någon av dem är praktiska i våta laboratoriesituationer.

Ett svar:
719016
2012-05-01 13:11:31 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jag hittade länken till en kommersiell produkt från Evrogen här: http://www.evrogen.com/technologies/normalization.shtml

De hävdar att deras metod är kompatibel med nästagen sekvenseringsplattformar:

cDNA-normalisering med användning av duplexspecifik nukleas (DSN) är ett mycket effektivt tillvägagångssätt som kan tillämpas för normalisering av cDNA med full längd (Zhulidov et al., 2004 ; Zhulidov et al., 2005). Den resulterande cDNA innehåller utjämnad mängd olika transkript och kan användas för konstruktion av cDNA-bibliotek och för direkt sekvensering, inklusive sekvensering med hög genomströmning på nästa generations sekvenseringsplattformar (Roche / 454, ABI / SOLiD eller Illumina / Solexa).

Och den mest uppdaterade referensen verkar vara denna Curr Protoc Mol Biol. uppsats av Bogdanova et al .: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20373503



ⓘ
Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 3.0-licensen som det distribueras under.
Loading...